菌酶協同發酵是在微生物發酵工藝的處理下添加一定量的酶進行協同發酵，兼具酶解法和微生物發酵法的優點，能將原料中的抗營養因子降解，調節飼料苦味，改善飼料適口性，彌補單一微生物發酵產酶不足和酶解口味不佳等問題，促進動物采食，提高飼料轉化率和營養價值。
菌酶協同發酵常用的菌種主要包括芽孢桿菌、酵母菌、乳酸菌以及霉菌。芽孢桿菌類主要有枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌和蠟質芽孢桿菌等，能降解抗營養因子和有毒物質，分泌纖維素酶和蛋白酶將纖維素和大分子蛋白降解，調節動物腸道健康。
飼料原料中抗原蛋白、胰蛋白酶抑制劑、低聚糖和植酸等抗營養因子和有毒物質影響動物對飼料營養物質的消化、吸收和利用。菌酶協同發酵兼具微生物發酵法和酶解法的優點，利用菌群分泌的胞外酶、代謝產物和蛋白酶系協同作用，可降解飼料原料中的抗營養因子和有毒物質。菌酶協同發酵主要是通過菌株產生的代謝產物、增強微生物對飼料原料中大分子物質的利用以及酶對飼料原料的降解為菌株合成菌體蛋白提供能量，即將飼料原料中的大分子蛋白降解成易被動物吸收的小分子肽，進而提高飼料營養價值和轉化率。菌酶協同發酵添加的菌種能改變飼料原料中理化性狀，產生大量有機酸降低飼料的pH值，使飼料具有芳香味，能減少飼料苦味物質產生，從而改善飼料適口性，且富含有益菌群的發酵飼料也容易被分解利用，促進動物采食。菌酶協同處理兼具微生物發酵和酶解的優點，非常規原料經菌酶協同發酵處理可有效降解有毒物質和抗營養因子改善適口性，彌補營養成分不平衡、飼用價值低等問題，且增加發酵產物蛋白質含量，從而改善非常規飼料原料的營養價值，達到更好的飼用效果。菌酶協同發酵融合發酵和酶解的優點，經菌酶協同發酵的飼料可促進豬采食，維持仔豬腸道健康緩解腹瀉，對豬腸道菌群產生積極作用，且經酶解后的飼料更易被豬消化和吸收，提高飼料的可消化，促進仔豬的生長，增加養殖效益。菌酶協同發酵產生的蛋白飼料可提高肉雞的生長性能、腸道屏障功能和血清抗氧化性。菌酶協同發酵飼料可顯著提高肉雞生長性能，且能平衡腸道菌群和改善腸道形態。
- 添加的菌群可分泌有機酸降低飼料pH值，從而改善飼料適口性促進動物采食。
- 添加的酶可分解大分子蛋白增加小肽含量，提高飼料營養價值和利用率。
目前對菌種和酶的具體協同作用機制還未研究透徹，且不同菌種和酶協同發酵生產的蛋白飼料的應用效果也存在一定差異。
